Η κλήρωση του Κυπέλλου Ελλάδας 2016-2017 θα γίνει την Τετάρτη (24/08) στις 11:00. Στην πρώτη φάση του Κυπέλλου θα πάρουν μέρος τέσσερις ομάδες της Football League κατόπιν κλήρωσης. Οι δύο θα περάσουν στην επόμενη φάση, όπου θα συμμετάσχουν 16 ομάδες από την Football League και άλλες τόσες από τη Super League, σε ομίλους.
