1η φάση με 1-0 επί του Αχαρναϊκού. Έτσι οι «βυσσινί» προκρίθηκαν και πέρασαν χωρίς αγώνα στην 3η φάση. Εκεί θα βρουν μπροστά τους τον Αστέρα Τρίπολης του Σάκη Τσιώλη, με τον 1ο αγώνα να γίνεται στις 28 ή 29 Νοεμβρίου στο AEL FC ARENA και τον επαναληπτικό στο γήπεδο της Τρίπολης στις 19 Δεκεμβρίου. Αν η ΑΕΛ καταφέρει να προκριθεί, θα βρει μπροστά της έναν εκ των Ολυμπιακός Βόλου/Καλλονή, ή Ατρόμητο, με τον 1ο αγώνα να έχει οριστεί για τις 09/01/2013 εκτός έδρας και τον δεύτερο στις 23/01/2013 εντός έδρας.
2η ΦΑΣΗ, οι αγώνες είναι νοκ άουτ (30-31 Οκτωβρίου):
Ολυμπιακός Βόλου-Καλλονή
Πανσερραϊκός-Οδυσσέας Κορδελιού
Εθνικός Σιδηροκάστρου-Τύρναβος
Θρασύβουλος-Βύζας Μεγάρων
Καβάλα-Παναιγιάλειος
Αναγέννηση Γιαννιτσών-Νίκη Βόλου
Φωστήρας-Χανιά
3η Φάση (1η αγωνιστική 28-29 Νοεμβρίου και 12-13 Δεκεμβρίου και δεύτερη αγωνιστική 19-20-22-23 Δεκεμβρίου)
31. Πανθρακικός-Αναγέννηση Γιαννιτσών ή Νίκη Βόλου
32. Καβάλα ή Παναιγιάλειος-ΑΕΚ
33. Εθνικός Γαζώρου-Skoda Ξάνθη
34. Φωστήρας ή Χανιά-Πανιώνιος
35. Βέροια-Θρασύβουλος ή Βύζας Μεγάρων
36. Εθνικός Σιδηροκάστρου ή Τύρναβος-Κέρκυρα
37. ΠΑΣ Γιάννινα-Πανσερραϊκός ή Οδυσσέας Κορδελιού
38. Ολυμπιακός-Παναχαϊκή
39. Λεβαδειακός-Πιερικός
40. Αιγινιακός-ΠΑΟΚ
41. Ολυμπιακός Βόλου ή ΑΕΛ Καλλονής-Ατρόμητος
42. ΟΦΗ-Απόλλων Σμύρνης
43. Καλλιθέα-Άρης
44. Πλατανιάς-Αναγέννηση Καρδίτσας
45. ΑΕΛ-Αστέρας Τρίπολης
46. Παναθηναϊκός-Προοδευτική
4η Φάση (09/01/2013 και 23/01/2013)
47. Νικητής 43-Νικητής 40
48. Νικητής 39-Νικητής 36
49. Νικητής 38-Νικητής 32
50. Νικητής 46-Νικητής 44
51. Νικητής 35-Νικητής 33
52. Νικητής 42-Νικητής 31
53. Νικητής 37-Νικητής 34
54. Νικητής 41-Νικητής 45
