2001-2002
Για πρώτη φορά στην ιστορία της η ΑΕΛ βρίσκεται στην Γ' Εθνική. Ολοκληρώθηκε ο πρώτος γύρος με την ΑΕΛ να έχει 24 βαθμούς σε 15 αγώνες. Μετά τη λήξη του πρωταθλήματος η ομάδα του κάμπου έχει συνολικά 42 βαθμούς (36-33 γκολ) και τερματίζει στην 7η θέση. Η ομάδα του κάμπου διεκδίκησε μέχρι ενός σημείου την άνοδο, αλλά πλήρωσε τον σχετικά κακό δεύτερο γύρο, που πήρε μόλις 19 βαθμούς.
2002-2003
Ο πρώτος γύρος βρίσκει την ΑΕΛ με μόλις 19 βαθμούς σε μια ιδιαίτερη δύσκολη θέση στο πρωτάθλημα της Γ' Εθνικής. Η ΑΕΛ συγκέντρωσε περισσότερους βαθμούς στο δεύτερο γύρο καθώς μάζεψε 24 βαθμούς και καταφέρνει στα τελευταία ματς να σωθεί, στην χειρότερη σεζόν στην ιστορία της, τερματίζοντας στην 15η θέση του πίνακα με συνολικά 43 βαθμούς (33-41 γκολ)!
2003-2004
Η περίοδος 2003-04 ήταν το ξεκίνημα της ΑΕΛ να αφήσει πίσω τα πέτρινα χρόνια και να κάνει βήματα μπροστά. Ο πρώτος γύρος την βρίσκει να έχει 37 βαθμούς και παλεύει για την πολυπόθητη άνοδο. Ο δεύτερος γύρος της δίνει 40 βαθμούς, συνολικά με τους 77 πόντους εξασφαλίζει την δεύτερη θέση στο πρωτάθλημα και την άνοδο στην Β’ Εθνική.
2004-2005
Η πορεία της ΑΕΛ ήταν καλύτερη στο β΄ γύρο. Στο πρώτο μισό του πρωταθλήματος συγκέντρωσε 25 βαθμούς, ενώ στο δεύτερο μάζεψε 33 βαθμούς, φθάνοντας αισίως τους 58 βαθμούς, τερματίζοντας στην πρώτη θέση. Μετά από εννέα χρόνια απουσίας επιστρέφει και πάλι στα "μεγάλα σαλόνια" του ελληνικού ποδοσφαίρου.
2005-2006
Η περίοδος 2005-06 βρίσκει την ΑΕΛ και πάλι μετά από 9 χρόνια στην Α’ Εθνική. Στον πρώτο γύρο εκείνης της σεζόν η ΑΕΛ ήταν στη 10η θέση του πίνακα με 17 βαθμούς (16-21 γκολ). Στο δεύτερο όμως γύρο η ομάδα κατόρθωσε να συλλέξει 22 βαθμούς (15-16 γκολ) και τελικά να μπει στην πρώτη οκτάδα με 39 βαθμούς (31-37 γκολ). Αυτό της έδωσε και το δικαίωμα να βγει στο κύπελλο Ιντερτότο.
2006-2007
Η πορεία της ΑΕΛ ήταν ανοδική στο β΄ γύρο. Ενώ στο τέλος του πρώτου ήταν στη 12η θέση με 16 βαθμούς (12-22 γκολ), στο τέλος βρέθηκε 10η θέση με 36 βαθμούς (30-38 γκολ). Παράλληλα στο β΄ γύρο σκόραρε περισσότερο 18 γκολ ενώ είχε βελτιωμένη άμυνα με 16 γκολ. Επίσης ήταν η χρονιά που κατέκτησε για δεύτερη φορά στην ιστορία της το Κύπελλο Ελλάδος μετά από 22 χρόνια, νικώντας τον Παναθηναϊκό στο Πανθεσσαλικό, με 2-1.
2007-2008
Από την 11η θέση στον πρώτο γύρο με μόλις 15 βαθμούς (11-15 γκολ) η ΑΕΛ πήρε στο δεύτερο άλλους 30 και βρέθηκε στην 6η θέση με 45 βαθμούς. Παράλληλα στο δεύτερο γύρο σημείωσε 24 τέρματα φτάνοντας συνολικά τα 35. Στο πρωτάθλημα, τερματίζει στην 6η θέση (35-30 γκολ), χωρίς να χάσει ούτε ένα αγώνα στο Αλκαζάρ. Παράλληλα εκείνη τη σεζόν χάνει την είσοδό της στα play off στην ισοβαθμία με τον Πανιώνιο.
2008-2009
Η ομάδα κατάφερε να ανεβεί από την 8η αγωνιστική στην 5η θέση και να την κρατήσει για όλες τις υπόλοιπες αγωνιστικές. Στους αριθμούς ενώ στον πρώτο γύρο πήρε 21 βαθμούς (21-14 γκολ) στο δεύτερο πήρε 28 (15-12 γκολ) για να μπει στα πλέι οφ με 49 βαθμούς (36-26 γκολ) εξασφαλίζοντας την εξοδό της στο Europa League.
2009-2010
Η ΑΕΛ είχε 15 βαθμούς στον πρώτο γύρο και βρέθηκε στην 13η θέση. Στο δεύτερο όμως γύρο η «βυσσινί» ομάδα κατόρθωσε να συλλέξει 22 βαθμούς. Είχε βάλει μόλις 14 γκολ και είχε δεχτεί 22 γκολ. Την περίοδο εκείνη η ΑΕΛ τερματίζει στην 8η θέση της Superleague με 37 βαθμους (31-42 γκολ). Παράλληλα στο β΄ γύρο σκόραρε περισσότερο 17 γκολ ενώ είχε βελτιωμένη άμυνα με 20 γκολ.
2010-2011
Ύστερα από έναν πολύ κακό πρώτο γύρο, η αυλαία του πρώτου γύρου βρήκε την ΑΕΛ καθηλωμένη στην 16η θέση με μόλις 11 βαθμούς. Επίδοση, που παράλληλα αποτελεί και αρνητική επίδοσή στο πρώτο μισό της διαδρομής από τη στιγμή, που η ομάδα επέστρεψε στην κορυφαία εθνική κατηγορία. Παράλληλα σκόραρε 10 φορές μια απο τις χειρότερες επιθέσεις ενώ είχε και μια απο τις χειρότερες άμυνες με 18 γκόλ παθητικό. Με τη λήξη του πρωταθλήματος η ΑΕΛ βρέθηκε να έχει 25 βαθμούς και να βρίσκεται στην 15η θέση (29-47 γκολ). Παρ' όλα αυτά, κατάφερε εκ νέου να μαζέψει περισσότερους βαθμούς στο δεύτερο μισό του πρωταθλήματος, χωρίς ωστόσο να καταφέρει να εξασφαλίσει την παραμονή της, στην Super League.
2011-2012
Ο πρώτος γύρος τελείωσε βρίσκοντας την ΑΕΛ με 23 βαθμούς στην 8η θέση παρέα με δύο συγκατοίκους, τον Πανσερραϊκό και την Αναγέννηση Γιαννιτσών, μακριά κατα 13 βαθμούς, από τις δυο προνομιούχες θέσεις, που οδηγούν στην Super League. Με την ολοκλήρωση της 34ης και τελευταίας αγωνιστικής του πρωταθλήματος της Football League η ομάδα του κάμπου βρέθηκε τελικά στην 10η θέση με συνολικά 43 βαθμούς (38-29 γκολ). Κάνοντας ουσιαστικά το χειρότερο δεύτερο γύρο τα τελευταία 10 χρόνια!
2012-2013
Στον πρώτο γύρο η ΑΕΛ συγκέντρωσε 33 βαθμούς και βρέθηκε στην 4η θέση του βαθμολογικού πίνακα παρέα με τη Νίκη Βόλου (23-11 γκολ). Με την ολοκλήρωση της 42ης και τελευταίας αγωνιστικής του πρωταθλήματος της Football League η ομάδα του κάμπου βρέθηκε τελικά στην 9η θέση με συνολικά 63 βαθμούς (42-25 γκολ). Η ομάδα της ΑΕΛ διεκδίκησε μέχρι ενός σημείου την άνοδο, αλλά πλήρωσε την κακή εντός έδρας συγκομιδή και την αδυναμία να κερδίσει ανταγωνιστικές ομάδες, ενώ στο δεύτερο γύρο πήρε 30 βαθμούς.
2013-2014
Ο πρώτος γύρος τελείωσε βρίσκοντας την ΑΕΛ με 39 βαθμούς στην 1η θέση του βαθμολογικού πίνακα. Με τη λήξη του πρωταθλήματος της Γ' Εθνικής η ΑΕΛ βρέθηκε να έχει 73 βαθμούς και να βρίσκεται στην 1η θέση και εξασφάλισε την άνοδο στην Football League.
