Την Πέμπτη 29/9/2016 και ώρα 10:30 στα γραφεία της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας θα διενεργηθεί η κλήρωση για τους αγώνες της 2ης φάσης του Κυπέλλου Επαγγελματικών Ομάδων περιόδου 2016-2017. Οι 16 ομάδες που θα μπουν στην κληρωτίδα από την Superleague, Ολυμπιακός, Αστέρας Τρίπολης, Ατρόμητος, Κέρκυρα, ΑΕΛ, Λεβαδειακός, Ξάνθη, Πανιώνιος, Πλατανιάς, ΑΕΚ, Βέροια, Ηρακλής, Παναιτωλικός, ΠΑΟΚ, ΠΑΣ Γιάννινα, Παναθηναϊκός. Την πρόκριση από την πρώτη φάση πήρε η Σπάρτη και ο ΟΦΗ. Στην φάση των «32» του θεσμού θα προστεθούν και οι 14 επιπλέον ομάδες από τη Football League, που προκρίθηκαν απευθείας στην επόμενη φάση του θεσμού που είναι οι: Αγροτικός Αστέρας, Αιγινιακός, Αναγέννηση Καρδίτσας, Απόλλων Σμύρνης, Άρης, Καλλιθέα, Καλλονή, Κισσαμικός, Λαμία, Πενελευσινιακός, Πανθρακικός, Πανσερραϊκός, ΑΟ Τρίκαλα, ΑΟ Χανιά. έτσι ώστε να σχηματισθούν οι οκτώ όμιλοι.
