Ο Σωτήρης Κυργιάκος γεννήθηκε στις 23 Ιουλίου 1979 στα Τρίκαλα. Τα πρώτα του ποδοσφαιρικά βήματα έγιναν στη Θύελλα Μεγαλοχωρίου Τρικάλων. Οι εμφανίσεις του δεν άργησαν να προσελκύσουν το ενδιαφέρον του Παναθηναϊκού, ο οποίος τον απέκτησε την περίοδο 1996-97 και τον ενέταξε στις ακαδημίες του. Το 1998 προωθήθηκε στην πρώτη ομάδα, ωστόσο για να αποκτήσει πολύτιμες εμπειρίες αγωνίστηκε ως δανεικός στον ΑΟ Αγίου Νικολάου για δύο αγωνιστικές περιόδους (1999-2001).
Με την επιστροφή του στον Παναθηναϊκό καθιερώθηκε σταδιακά ως βασικό στέλεχος της αμυντικής γραμμής. Από το 2001 αποτέλεσε έναν από τους πρωταγωνιστές των μεγάλων ευρωπαϊκών πορειών του «τριφυλλιού», συμμετέχοντας στην ιστορική πρόκριση στα προημιτελικά του UEFA Champions League το 2002 και στα προημιτελικά του Κυπέλλου UEFA το 2003. Το αποκορύφωμα της παρουσίας του στους «πράσινους» ήρθε τη σεζόν 2003-04, όταν κατέκτησε το νταμπλ, συμβάλλοντας καθοριστικά στην επιτυχία της ομάδας. Συνολικά με τον Παναθηναϊκό κατέγραψε 60 συμμετοχές και 5 γκολ στο πρωτάθλημα.
Τον Ιανουάριο του 2005 άνοιξε ένα νέο κεφάλαιο στην καριέρα του, μετακομίζοντας στη Σκωτία για λογαριασμό της Ρέιντζερς. Εκεί πανηγύρισε ακόμη ένα νταμπλ, επιβεβαιώνοντας την αξία του και εκτός ελληνικών συνόρων.
Το 2006 συνέχισε την πορεία του στη γερμανική Άιντραχτ Φρανκφούρτης, όπου παρέμεινε για δύο σεζόν πραγματοποιώντας ιδιαίτερα αξιόλογες εμφανίσεις στην Bundesliga.
Το καλοκαίρι του 2008 επέστρεψε στην Ελλάδα για λογαριασμό της ΑΕΚ, σε μία από τις σημαντικότερες μεταγραφές εκείνης της περιόδου. Υπέγραψε πενταετές συμβόλαιο και με την εμπειρία και την προσωπικότητά του αποτέλεσε βασικό στήριγμα της αμυντικής γραμμής της Ένωσης. Στη μοναδική του σεζόν με την ΑΕΚ αγωνίστηκε σε 19 παιχνίδια πρωταθλήματος, ενώ έφτασε μέχρι τον τελικό του Κυπέλλου Ελλάδας, όπου η ομάδα ηττήθηκε στα πέναλτι από τον Ολυμπιακό.
Οι εξαιρετικές εμφανίσεις του προσέλκυσαν το ενδιαφέρον της Λίβερπουλ, η οποία τον απέκτησε τον Αύγουστο του 2009 έναντι περίπου τριών εκατομμυρίων ευρώ. Στην Premier League αγωνίστηκε για δύο χρόνια, καταγράφοντας 30 συμμετοχές και 3 γκολ στο πρωτάθλημα, κερδίζοντας τον σεβασμό των φιλάθλων για το μαχητικό του πνεύμα και τη συνέπειά του.
Το 2011 επέστρεψε στη Γερμανία για λογαριασμό της Βόλφσμπουργκ, ενώ λίγους μήνες αργότερα παραχωρήθηκε δανεικός στη Σάντερλαντ. Το 2014 ολοκλήρωσε την ποδοσφαιρική του διαδρομή στην Αυστραλία, φορώντας τη φανέλα της Σίδνεϊ Ολίμπικ.
Ιδιαίτερα σημαντική ήταν και η παρουσία του στην Εθνική Ελλάδας. Πραγματοποίησε το ντεμπούτο του στις 13 Φεβρουαρίου 2002 σε φιλικό αγώνα απέναντι στη Σουηδία, ενώ το πρώτο του γκολ με το εθνόσημο σημειώθηκε έναν χρόνο αργότερα απέναντι στη Νορβηγία. Αν και δεν βρέθηκε στην αποστολή που κατέκτησε το Euro 2004 λόγω τραυματισμού, αποτέλεσε βασικό στέλεχος της Εθνικής τα επόμενα χρόνια, συμμετέχοντας στο Κύπελλο Συνομοσπονδιών του 2005, στο Euro 2008 και στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 2010 στη Νότια Αφρική. Από το 2002 έως το 2010 κατέγραψε συνολικά 61 συμμετοχές και 4 γκολ, προτού ολοκληρώσει την παρουσία του στο αντιπροσωπευτικό συγκρότημα.
Μετά την ολοκλήρωση της ποδοσφαιρικής του καριέρας παρέμεινε ενεργός στον χώρο του ποδοσφαίρου. Για το πρώτο μισός τη σεζόν 2025-2026 ανέλαβε τη θέση του Team Manager στην ΠΑΕ Κηφισιά, όπου παραιτήθηκε στις 3 Ιανουαρίου 2026 για προσωπικούς λόγους.
